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            技術(shù)資訊技術(shù)資料
            STR鑒定結(jié)果怎么看?
            發(fā)布日期:2023.05.26

             

            STR(Short Tandem Repeat,短串聯(lián)重復(fù)序列)

            基因位點(diǎn)由長(zhǎng)度為3-7個(gè)堿基對(duì)的短串連重復(fù)序列組成,這些重復(fù)序列廣泛存在于人類(lèi)基因組中,可作為高度多態(tài)性標(biāo)記,被稱(chēng)為細(xì)胞的DNA指紋,其可通過(guò)PCR(聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng))來(lái)檢測(cè)。STR基因座上的等位基因可通過(guò)擴(kuò)增區(qū)域內(nèi)重復(fù)序列的拷貝數(shù)的不同來(lái)區(qū)分,在毛細(xì)管電泳分離之后可通過(guò)熒光檢測(cè)來(lái)識(shí)別。隨后通過(guò)一定的計(jì)算方法,即可根據(jù)所得的STR分型結(jié)果與專(zhuān)業(yè)的細(xì)胞STR數(shù)據(jù)庫(kù)做比對(duì),從而推算出樣品所屬的細(xì)胞系或可能存在的交叉污染的細(xì)胞系名稱(chēng)。

             

             

            ◆  STR分型圖譜根據(jù)實(shí)際PCR擴(kuò)增后檢測(cè)到的片段長(zhǎng)度和分型信息,會(huì)得到該細(xì)胞STR檢測(cè)結(jié)果的峰圖:

             

            通常情況下,人源細(xì)胞或小鼠細(xì)胞STR圖譜上一個(gè)基因位點(diǎn)只會(huì)出現(xiàn)1個(gè)或2個(gè)峰,即純合和雜合。

             

            一個(gè)基因位點(diǎn)出現(xiàn)3個(gè)及以上峰稱(chēng)為多等位基因:

            存在1-2個(gè)多等位基因可能源于細(xì)胞變異,不視為污染,也可能是三倍體等多倍體突變現(xiàn)象;

            ● 當(dāng)結(jié)果中出現(xiàn)≥3個(gè)多等位基因提示可能存在同源物種交叉污染。

             

             

             

             

             

             

            MDA-MB-436細(xì)胞STR位點(diǎn)信息

             




             

             

            結(jié)果表明:該人源細(xì)胞分型結(jié)果良好,無(wú)人源細(xì)胞交叉污染。其20個(gè)位點(diǎn)全部為單(純合)或雙峰(雜合),根據(jù)鑒定得到的細(xì)胞STR位點(diǎn)信息可在細(xì)胞數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行比對(duì),數(shù)據(jù)來(lái)源包括ATCC,DSMZ,JCRB等細(xì)胞庫(kù)以及文獻(xiàn)和資料記載。

             

             

             

             

             

            RKO細(xì)胞STR位點(diǎn)信息

             

             

             

            結(jié)果表明:該人源細(xì)胞分型結(jié)果良好,無(wú)人源細(xì)胞交叉污染。其20個(gè)位點(diǎn)全部為單(純合)或雙峰(雜合),根據(jù)鑒定得到的細(xì)胞STR位點(diǎn)信息可在細(xì)胞數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行比對(duì),數(shù)據(jù)來(lái)源包括ATCC,DSMZ,JCRB等細(xì)胞庫(kù)以及文獻(xiàn)和資料記載

             

             

             

             

            在檢測(cè)結(jié)果有效的前提下,將受檢細(xì)胞系的STR位點(diǎn)的基因分型數(shù)據(jù)與其對(duì)應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)STR基因分型數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì),其匹配度與鑒定結(jié)果關(guān)系如下:匹配度鑒定結(jié)果≥80%為標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系或?yàn)闃?biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系的衍生細(xì)胞系,55%-80%需結(jié)合細(xì)胞系形態(tài)、細(xì)胞系特異性標(biāo)記物等做輔助分析并進(jìn)行綜合判斷,≤55%與其對(duì)應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系不相關(guān)。

             

             

             

            RKO細(xì)胞官方細(xì)胞數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)果比對(duì)

             

             

             

            結(jié)果表明:受檢RKO細(xì)胞系的STR位點(diǎn)基因分型數(shù)據(jù)與其對(duì)應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)STR基因分型數(shù)據(jù)比對(duì),匹配度鑒定結(jié)果均≥80%,證明受檢RKO細(xì)胞系為標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系或?yàn)闃?biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系的衍生細(xì)胞系。

             

             

             

            若需解決人及部分小鼠以外種屬細(xì)胞無(wú)法采用STR鑒定進(jìn)行檢測(cè)的問(wèn)題,以及種屬間細(xì)胞交叉污染的問(wèn)題,可采用細(xì)胞種屬鑒定方法。

            線(xiàn)粒體COI基因具有種屬特異性,常用于進(jìn)行物種鑒定。通過(guò)提取細(xì)胞DNA,用種屬熒光復(fù)合引物MIX對(duì)動(dòng)物線(xiàn)粒體COI基因進(jìn)行擴(kuò)增,然后進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳的分析方法,快速準(zhǔn)確地判斷檢測(cè)細(xì)胞的種屬以及是否存在不同種屬的交叉污染。

             

             

            智人391bp;中國(guó)倉(cāng)鼠315bp;恒河猴287bp;非洲綠猴222bp;大鼠 196bp;犬172bp;小鼠150bp;牛102bp。

             

             

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